Felsőbb osztálybeli görögök és rómaiak megvetették erős szaga miatt, az orvosok azonban már régmúlt időkkel ezelőtt is kedvelték. Hippokratész sikerrel alkalmazta fertőzésekre, sebekre, és különböző emésztési problémákra, míg Dioszkoridész szívpanaszokra javasolta. Plinius megfázások, epilepszia, galandféreg és lepra esetén ajánlotta a fokhagymát. Pliniuson kívül India ajurvédikus orvosai is használták lepra kezelésére (mivel a leprások oly sok időt eltöltöttek a fokhagyma hántásával és fogyasztásával, a betegséget fokhagymahéj néven is ismerték). A szagos növény sokáig a köhögés, szamárköhögés és különböző légzőszervi megbetegedéseknek volt hűséges orvosa. Az 1920-as évek óta számos gyógyhatását igazolták laboratóriumi körülmények között is. Elpusztítja a tuberkulózist, megelőzi az influenzás fertőzéseket, a lábujjak közötti- és hüvelygombák ellen sikeresen használják, de még agyhártyagyulladás esetén is segít.